随着RNA修饰在生物领域的持续火热,关于m6A修饰的研究已经广泛开展并发表,而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达,其中包括m1A、m5C等,在这些领域的研究中也不断有高分文章的出现。
近日,云序客户天津医科大学总医院冯世庆教授团队构建糖氧剥夺/再氧合(OGD/R)模型,进行了m6A、m5C 和m1A RNA甲基化的测序,对原发性神经元进行了研究。这里我们收集整理了这3篇云序生物提供服务的甲基化测序研究的文章,累积影响因子高达18.346,带领大家掌握常规性表达谱分析思路,给各位老师一个充分利用测序数据的思路。
项目文章一
发表杂志:eLife
影响因子:8.713(Q1)
发表时间:2023年3月7日
所用方法:全转录组 m1A MeRIP-seq、miRNA-seq
文章链接:The landscape of m1A modification and its posttranscriptional regulatory functions in primary neurons
m1 A修饰在转录组中的分布在神经系统中是未知的,特别是在重要的成分神经元中。作者利用m1A RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq),以阐明初级神经元和OGD/R处理的神经元中的m1 A转录组景观。展示了正常神经元和OGD/R处理的神经元中三种RNA(mRNA、lncRNAs和环状RNA)上的m1 A修饰。之后,作者比较了两组样品mRNA 上的m1A修饰水平,发现OGD/R处理后m1 A修饰的数量都有所增加。而对于lncRNAs,除了探索m1 A修饰的基本特征外,作者还发现了两个重要的发生m1 A修饰的lncRNAs:Meg3和Neat1,它们可能与lncRNA-RNA结合蛋白(RBPs)相关,并能在mRNA代谢的调控中发挥重要作用。此外,作者发现神经元中约有3000个发生m1A修饰的 circRNA,它们在神经系统中发挥作用。App和Foxo5等环状RNA上的m1 A修饰可能参与了环状RNA的翻译机制。作者还探讨了发生m1A修饰的各类RNA(环状RNA、lncRNAs和mRNAs)之间的潜在关联,发现存在两种不同的复杂调控网络。随后,结合miRNA测序结果,作者发现了多个miRNA-mRNA对,并利用双荧光素酶实验证实了mRNA 3´UTRs区上的m1 A修饰影响了miRNA与mRNA的结合。这些受m1 A修饰影响的基因(Rbfox3和Arid1a)与神经发育和分化有关,未受影响的基因(Grin2d为Wdtc1)主要与更广泛的细胞功能有关。
图:初级神经元中常见的m1A修饰特征
项目文章二
发表杂志:Epigenetics
影响因子:4.861(Q1)
发表时间:2022年12月18日
所用方法:全转录组 m6A MeRIP-seq、RNA-seq
文章链接:Crosstalk between m6A mRNAs and m6A circRNAs and the time-specific biogenesis of m6A circRNAs after OGD/R in primary neurons
m6A修饰是转录组RNA水平上最丰富的修饰之一。但是,关于神经元中m6A修饰知之甚少。作者利用生物信息学对正常神经元和OGD/R处理神经元的两组MeRIP-seq和RNA-seq数据进行分析,并结合MeRIP qPCR定量m6A修饰在特定RNA上的修饰水平,在文章中展示了正常和OGD/R处理的神经元的mRNA和环状RNA转录组的m6A修饰谱。分析结果显示,m6A修饰水平不影响mRNA和circRNA的表达。此外,作者还发现发生m6A修饰的 mRNA和circRNA之间的联系,并确定了神经元中发生m6A修饰的 circRNA产生的三种模式,并且不同的OGD/R处理条件能诱导不同的环状RNA修饰水平。这些结果为与OGD/R病理过程相关的疾病的潜在治疗提供了表观遗传学证据。
图:神经元mRNA中m6A修饰丰度
项目文章三
发表杂志:Front Genet
影响因子:4.772(Q1)
发表时间:2021年2月3日
所用方法: m5C BS-seq、MeRIP-qPCR
文章链接:Alteration of mRNA 5-Methylcytosine Modification in Neurons After OGD/R and Potential Roles in Cell Stress Response and Apoptosis
m5C修饰作为一种广泛存在的转录后RNA修饰,其在脑缺血-再灌注损伤(IRI)中的作用尚不明确。在这篇文章中,作者成功构建了一个OGD/R模型,并利用 m5C BS-seq获得了m5C的修饰谱。研究发现,神经元m5C修饰的分布高度保守,显著富集在CG区,并集中在mRNA翻译起始区。OGD/R组中m5C修饰水平更高,而甲基化mRNA基因数量减少。除rbm3结合蛋白外,m5C位点与大多数RNA结合蛋白的结合位点的重叠量显著增加。文章还发现神经元中的甲基化修饰水平高的基因在病理过程中显著富集,通过蛋白相互作用网络鉴定出的甲基化修饰水平高的基因RPL8和RPS9与脑损伤显著相关。此外,具有甲基化修饰水平高的上调转录本在参与应激反应和凋亡调控的过程中富集,而这些过程在甲基化修饰水平低的转录本中未被发现。最后,文章通过 TUNEL和免疫印迹实验验证了OGD/R在体外诱导的神经元凋亡。文章发现了与神经元糖氧剥夺/再氧合相关的新型m5C mRNA,为进一步研究RNA甲基化在大脑IRI中的作用提供了有价值的前景。
图:m5C甲基化位置的验证
总 结
联合m6A、m5C和 m1A RNA甲基化的测序,文章对原发性神经元进行了研究,展示了神经元及原发性神经元的不同修饰谱学,进一步深度挖掘不同分子的RNA修饰机制。
云序生物m1A甲基化研究五大模块
01 m1A RNA甲基化测序
m1A RNA甲基化测序(m1A-seq)
对m1A RNA甲基化,目前最流行的检测手段为m1A-Seq技术,适用于m1A RNA甲基化谱研究,快速筛选m1A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m1AC测序:
m1A 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA)
m1A LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
m1A Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
m1A mRNA测序
02 检测整体m1A RNA甲基化水平
LC-MS/MS检测整体RNA甲基化水平
精准高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
03 m1A RNA修饰上游酶的筛选
m1A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m1A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m1A RNA甲基化靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
云序生物m6A修饰研究五大模块
01 m6A RNA修饰测序
m6A RNA修饰测序(m6A-meRIP-seq)
对m6A RNA甲基化,目前最流行的检测手段为m6A-MeRIP-Seq技术,适用于m6A RNA甲基化谱研究,快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序:
m6A 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA)
m6A LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
m6A Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
m6A mRNA测序
m6A miRNA测序
02 检测整体m6A RNA修饰水平
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
MeRIP-qPCR/GenSeq® MeRIP试剂盒
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务以及销售GenSeq® MeRIP试剂盒,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
云序生物m5C甲基化研究五大模块
01 m5C RNA甲基化测序
m5C RNA甲基化测序(m5C-seq)
对m5C RNA甲基化,目前最流行的检测手段为m5C-Seq技术,适用于m5C RNA甲基化谱研究,快速筛选m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m5C测序:
m5C 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA)
m5C LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
m5C Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
m5C mRNA测序
02 检测整体m5CRNA甲基化水平
LC-MS/MS检测整体RNA甲基化水平
精准高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
03 m5C RNA甲基化上游酶的筛选
m5C RNA甲基化相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m5C RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m5C RNA甲基化靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
机制互作研究
1.RIP-seq/qPCR/GenSeq® RIP试剂盒
筛选或验证RNA修饰直接靶点,研究RNA修饰靶基因的调控机制。
2. RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白,研究相应的分子调控机制。
3. ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作,研究相应的分子调控机制。
云序生物服务优势
优势一:云序累计支持客户发表 100 + 篇RNA修饰SCI论文,合计影响因子 960 +
优势二:累计完成数千例 RNA甲基化测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。
优势三:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
优势四:独家提供多种修饰一站式服务:m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。
优势五:率先研发超微量MeRIP测序技术,RNA量低至500ng起。
优势六:国内最全的RNA修饰测序平台,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
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